Il fait ses débuts au cinéma chez Crawley Films avec Au pays de Neufve-France, une série de treize courts métrages pour la télévision. Dès son arrivée à l’ONF, il coréalise, avec Michel Brault, Pour la suite du monde (1962). Ce film remarquable, sélectionné en compétition officielle au Festival de Cannes, constitue l’aboutissement des techniques du cinéma direct développées à l’ONF et marque la consécration de l’équipe française. Il tourne ensuite deux autres films sur les gens de l’île aux Coudres avant de porter son regard sur l’Acadie, puis l’Abitibi, où il réalise quatre films sur les conséquences de la colonisation, quarante ans plus tard. Il s’intéresse par la suite aux Innus et à leur territoire ancestral, avec deux films sur la Basse-Côte-Nord. En 1982, La bête lumineuse constitue un moment fort de sa filmographie. Plus qu’un documentaire sur une partie de chasse, le film est une métaphore puissante sur la condition masculine. Suivront ensuite trois films sur le fleuve Saint-Laurent et les voyages de Jacques Cartier, puis deux films tournés sur la terre d’Ellesmere. Cinéaste phare, Pierre Perrault est l’auteur d’une œuvre immense, unique dans notre cinématographie, poétique, métaphorique, philosophique, truffée de personnages plus grands que nature et dont les thèmes sont universels.
Dans ce documentaire riche de détails sur les rituels entourant la chasse au caribou, on observe, sans toutefois les entendre, des membres de la communauté innue d’Unamenshipu (La Romaine), située sur la Côte-Nord du Québec. Sorti en 1960, ce film s’inscrit parmi les 13 courts métrages documentaires de la série poétique Au Pays de Neufve-France qui porte sur la vie des populations habitant le long du fleuve Saint-Laurent. Le commentaire, écrit par Perrault, présente les protagonistes innus dans une perspective ethnographique. Le film est réalisé conjointement par René Bonnière et Pierre Perrault, l’un des créateurs du mouvement du cinéma direct au Québec.
« De 1960 à 1985, Alexis Joveneau, un missionnaire catholique belge de la congrégation cléricale des Oblats de Marie-Immaculée qui fut le curé des Montagnais de La Romaine (Innus d’Ulamen-Shipit) de 1953 à 1992, a participé à cinq films de l’ONF : Attiuk (1960), Ka Ke Ki Ku (1960), Le goût de la farine (1977), Le pays de la terre sans arbre ou le Mouchouânipi (1980) et La grande allure II (1985).
Depuis novembre 2017, des allégations d’agressions ont été portées contre M. Joveneau par des membres de la communauté de La Romaine pendant les audiences de l’Enquête nationale sur les femmes et les filles autochtones disparues et assassinées. Des enquêtes et articles journalistiques récents ont rapporté d’autres allégations d’agressions sexuelles, d’abus physiques, psychologiques ou financiers ayant fait des dizaines de victimes. Le 29 mars 2018, une demande d'action collective a été déposée contre les Oblats de Marie-Immaculée en Cour Supérieure (du Québec). Le 16 novembre 2021, l’action collective a été autorisée. Les Oblats visés par ces allégations sont entre autres Alexis Joveneau, Omer Provencher, Edmond Brouillard, Raynald Couture et Édouard Meilleur. »